La Unidad de Microscopía pone a disposición de los investigadores un servicio de microscopía confocal y una flota de microscopios para la realización de diferentes experimentos. La unidad dispone de varios equipos de rutina, tanto de fluorescencia como de cultivos. El servicio de microscopía confocal permite además de la captura de imágenes, la realización de técnicas más específicas como FRET y FRAP. También existen a disposición de los usuarios dos sistemas de microscopía in vivo que permiten diseñar experimentos tipo time-lapse, para la realización de videos.