Diagnóstico microbiológico del COVID-19. Posicionamiento SEIMC

30/03/2020
Fuente: SEIMC

La Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC)Este enlace se abrirá en una ventana nueva acaba de publicar un Documento de Posicionamiento sobre el Diagnóstico Microbiológico de COVID-19Este enlace se abrirá en una ventana nueva. En él se hace un análisis de las ventajas y desventajas de las pruebas rápidas de las que se dispone actualmente y su aplicación en el ámbito hospitalario. Las más utilizadas son:




Detección de ácidos nucleicos


  • Es la técnica más útil para el diagnóstico de este proceso.

  • Consiste en la detección de la presencia de ácidos nucleicos del SARS-CoV-2 en la muestra del paciente por reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

  • Detecta la presencia del virus en muestras nasofaríngeas desde los primeros momentos de la infección. También pueden ser utilizadas otras muestras como el aspirado endotraqueal, broncoaspirado y el lavado broncoalveolar.

  • Permite estudiar un gran número de pacientes por la posible automatización de los procedimientos.

  • Es más sensible (puede detectar cantidades de 20 copias/ml, o incluso menos, de material genético viral) y específica (.puede diferenciar entre dos microorganismos muy cercanos evolutivamente); que los otros métodos hasta ahora disponibles.

  • La PCR presenta un grado de complejidad, por lo que necesita personal entrenado y preparado para su realización.

  • Los laboratorios de Microbiología clínica disponen de la infraestructura necesaria para su realización.


Pero la interpretación de la PCR se debe hacer con cautela, sobre todo cuando esta es negativa, ya que pueden aparecer tanto falsos negativos como positivos:

Falsos negativos:

  • Toma inadecuada de la muestra (frotis nasofaríngeo).
  • Retraso en el transporte.
  • Error preanalítico en el etiquetado de la muestra a lo largo del proceso.
  • Poca eliminación de virus por el paciente por el estadio del proceso o por la gravedad del mismo.

Falsos positivos:

  • Error pre-analítico en el etiquetado de la muestra a lo largo del proceso.
  • Contaminación cruzada entre muestras durante el procesamiento.



Detección de antígenos


  • Los resultados mediante PCR utilizan rectas de calibrado y métodos matemáticos de cuantificación como el empleo de Ct* (corresponde a un número en referencia a un ciclo en concreto):

  • Si el Ct < 40 ofrecen una sensibilidad del 68%, especificidad del 100% y valor predictivo negativo (VPN) del 32%.

  • En PCR con Ct < 30 la sensibilidad asciende hasta el 98%, manteniendo la especificidad en el 100%. Si se acopla una detección fluorimétrica, se puede conseguir una sensibilidad aceptable.

* La CT en la medición de la PCR, es un valor matemático de cuantificación, que permite obtener resultados fiables. Sin embargo, puede que estos valores no puedan ser explotados directamente y para conocer la cantidad de ADN inicial, se precisen realizar nuevas transformaciones matemáticas que requieran conocer la eficiencia de PCR, y entonces se determinará una recta de calibrado.

  • En los tests mediante inmunocromatografía con detección con oro coloidal, la sensibilidad puede ser <30%, y especificidad del 100%, lo que haría inviable esta técnica de forma habitual, excepto si se requiere lectura fluorescente, pero esto aún no ha sido evaluado.
  • En cualquiera de ambos casos, se recomienda la toma de muestra mediante frotis en fosas nasales, por su mayor carga viral respecto al frotis orofaríngeo.


Ventajas

  • Sensibilidad adecuada, que puede aumentarse si se acopla una detección fluorimétrica

  • Rapidez, los ensayos de immunocromatografía suelen generar resultados en unos 15- 30 minutos


Desventajas

  • Difícil procesar muchas muestras en un corto periodo de tiempo.



Detección de anticuerpos (IgM/Ig G)


Su aplicación puede ser limitada y debe ser complementaria a la RT-PCR.


Ventajas

  • Rapidez, los ensayos de immunocromatografía suelen generar resultados en unos 15- 30 minutos.

  • Podría complementar a los estudios de RT-PCR cuando estos son negativos en los pacientes con clínica de COVID-19 o debido a que por el curso de la enfermedad ya no existe carga viral apreciable en las muestras de vías respiratorias superiores y resulta un riesgo obtener muestras de tracto respiratorio inferior. Posible uso en suero y plasma de sangre venosa y sangre periférica (incluso por punción capilar).


Desventajas

  • Insuficiente sensibilidad y especificidad.

  • Dinámica de respuesta IgM e IgG incierta y variable en el curso de la enfermedad que hace que un resultado negativo de IgM y de IgG no excluya que el paciente esté infectado por SARS-CoV-2. Especialmente en pacientes inmunodeprimidos.

  • Dificultad para posicionar su determinación como técnica cribado frente a RT-PCR o detección de antígeno.
  • Difícil procesar muchas muestras en un corto periodo de tiempo.



Aplicación de estas técnicas en hospitales


  1. Pacientes en urgencias con infección respiratoria aguda
  2. Personal sanitario en contacto con los pacientes (en este caso, solo se debería hacer cuando la persona presente sintomatología y de forma prioritaria para favorecer su reincorporación al trabajo.



(Ver algoritmo de diagnóstico recomendable para centros hospitalarios)


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